少年侦探团利用连休来到了京都，他们是为了乘坐神盾舰体验航海的乐趣，但跟着他们一起前来的园子、小兰和小五郎却对小吃和酒更感兴趣。京都的日式甜点是小兰非常喜欢的甜点，但她购买的老店中却没有了巧克力口味，慌忙跑进来的社长竟然称所有分店的巧克力口味都凭空消失了，听到小五郎名号的社长急忙拜托调查。