小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆参加推理之旅。活动规定，如果能够找出推理之旅的主办人就可以免费住宿并可获得一个包含某种病毒程序的磁盘。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南从栏杆上推了下去！之后柯南打电话询问阿笠博士关于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房间时柯南和小兰偶遇和明子发生口角的前田并被前田邀请却观看夜景。就在这时暗夜公爵却坠楼生亡！