步美发现图书馆的书被人撕掉了一页，气愤的她决定找出“元凶”，根据借书卡的记载，柯南和步美找到了内藤司，可他今天却没上课，与此同时，学校的岩石标本也人被偷偷走，柯南认为这可能是司所为，于是找到了他家，在查看了司的房间后，他们发现了一张写有暗号的字条，少年侦探团集结智慧，终于在大滨海滩找到了想要唤回逝去母亲的司。