在小兰的跆拳道社学姐镜堂奈奈美的邀请下，少年侦探团的众人来到了镜堂家寻找传闻中的宝藏，非常热衷建筑的上一代家主镜堂征太郎在这座宅邸中设下了各式各样的机关，而没有入口和窗户的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美带领他们在宅邸四处参观时突然听到了女性的惨叫声，奈奈美的母亲不幸从塔上坠亡，前去调查凶手的途中灰原却不见了踪影。