帝丹高中最近发生了不可思议的灵异事件，小兰本想拜托小五郎调查却被拒绝，所以由柯南出马破解校园灵异事件之谜。期间，小兰他们还遇到新出医生，于是一行人在园子的带领下首先来到了体育馆，这里曾莫名的出现了两年前就已死去的保坂的书桌，接着又来到了诡异的图书馆和导致保坂死去的楼梯，经过一圈查看，柯南已大致明白，就在这时，操场中间突然出现了保坂的书桌……